Les poissons sont naturellement présents dans la majorité des lacs français, exceptés les lacs d'altitude et certains lacs géographiquement isolés, dans lesquels ils ont néanmoins fréquemment été introduits par l'homme. Généralement situées au sommet des chaînes trophiques aquatiques, les populations de poissons participent au contrôle des maillons inférieurs ainsi qu'au fonctionnement écologique des écosystèmes lacustres.
En raison des préférences écologiques des différentes espèces, la composition des peuplements de poissons (présence, abondance, distribution en taille…) est conditionnée par les caractéristiques physiques et chimiques du milieu et susceptible d'être impactée par les pressions exercées par l'homme. Certaines espèces introduites ou exotiques peuvent par ailleurs être à l'origine de déséquilibres écologiques importants.
Organismes à l'écologie bien connue, les poissons constituent ainsi l'un des quatre éléments de qualité biologique intervenant dans l'évaluation de l'état des plans d'eau pour la DCE, au travers de deux indicateurs : l'IIL (Indice Ichtyofaune Lacustre, pour les lacs naturels) et l'IIR (Indice Ichtyofaune Retenue, pour les retenues artificielles).
Les données d'inventaire piscicole sont collectées dans le cadre des réseaux de suivi réglementaires (RCS et RCO) par échantillonnage aux filets maillants multi-mailles. Le protocole, dit "protocole nordique" ou "scandinave", suit les préconisations de la norme européenne EN 14757:2005 (Qualité de l'eau - Échantillonnage des poissons à l'aide de filets maillants) qui répond aux exigences réglementaires formulées par la DCE.

Les filets sont positionnés de manière aléatoire, sur le fond (filets benthiques) ou dans la colonne d'eau (filets pélagiques), dans différentes gammes de profondeur. Le nombre de filets à poser dans chaque gamme de profondeur est déterminé en fonction de la superficie et de la profondeur maximale du lac, ainsi que du niveau d'oxygénation du fond. Leur mise en place est effectuée en fin de journée et leur relève le lendemain matin, de façon à ce que chacun atteigne un temps total de pêche d'environ 12 h.
À la relève, les poissons sont démaillés, identifiés à l'espèce, puis pesés et mesurés, soit individuellement, soit par lots, lorsque les conditions l'exigent ou le permettent (quantité excessive de poissons, présence de nombreux juvéniles, captures très homogènes…). Selon les conditions et les contraintes, une campagne de pêche s'effectue souvent sur plusieurs jours.